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François-Marie COLONNA
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Membre de l'équipe INCOD |
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| Fonction : |
Doctorant |
| UFR : |
Université Aix-Marseille (U3) |
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| Tél. : |
04 91 05 60 75 |
| E-mail : |
colonnaf lsis org |
| Web : |
http://www.lsis.org/~colonnafm/ |
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| Adresse : |
LSIS - UMR CNRS 6168
Domaine Universitaire de Saint-Jérôme
Avenue Escadrille Normandie-Niemen
13397 MARSEILLE CEDEX 20 |
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THÈSE
Sujet de thèse :
Intégration de données biologiques sur le web |
Directeur(s) de thèse :
Omar Boucelma |
Date de début de thèse :
Novembre 2003 |
Financement(s) :
ADER - PACA |
Résumé :
Depuis une dizaine d’années, on assiste à une explosion de la masse de données que les chercheurs en sciences de la vie doivent exploiter. En effet, de nombreuses sources de données publiques (et privées) sont disponibles sur le Web. De plus, cette situation est amplifiée par la masse tout aussi importante de données produites par des expérimentations in-silico.
Cette thèse vise à la conception de méthodes et d’outils informatiques pour la réalisation d'un système d'intégration de données génomiques hétérogènes distribuées sur le Web. Les résultats de la thèse pourront être utilisés, entre autres, par des généticiens qui cherchent à identifier des gênes et leurs variants impliqués dans une maladie humaine.
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PUBLICATIONS
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[1] F.-M. Colonna, “PostgreSQL”, Collection "Les TP Informatiques", n° ISBN 978-2-7460-4381-7, Editions ENI, Octobre 2008.[bib] |
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[2] F.-M. Colonna, O. Boucelma, “Integration of Biological Web Data Sources Using Feature Logics”, in: Actes des Vingt-Quatrièmes Journées "Bases de Données Avancées", BDA 2008, Guilherand-Granges, France, 21-24 Octobre 2008.[bib] |
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[3] Y. Sam, F.-M. Colonna, O. Boucelma, “Description, Sélection et Composition de Ressources Personnalisables: Approche par Logique d'Attributs”, in: Actes du XXVème Congrès INFORSID, pp. 292-307, 22-25 Mai 2007.[bib] |
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[4] Y. Sam, F.-M. Colonna, O. Boucelma, “Customizable-Resources Description, Selection, and Composition : A Feature Logic Based Approach”, in: OTM Conferences 2006, On the Move to Meaningful Internet Systems 2006: CoopIS, DOA, GADA and ODBASE 2006, Lecture Notes in Computer Science, pp. 377-390, Springer Verlag, Montpellier, France, novembre 2006.[bib] |
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[5] F.-M. Colonna, Y. Sam, O. Boucelma, “Database Integration for Predisposition Genes Discovery”, in: Challenges and Opportunities of Healthgrids, Proceedings of 4th HealthGrid Annual Conference, Studies in Health Technology and Informatics, vol. 120, n° 1-58603-617-3, IOS Press, 7-9 Juin 2006.[bib] |
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[6] V. Pujalte, P. Bouché, K. Andrien, K. N. M’sirdi, F.-M. Colonna, L. Torres, (Eds.) “JDL6’06, Actes des Troisièmes Journées des Doctorants du LSIS”, LSIS, 19 Juin 2006. n° ISBN: 2-9520712-3-3, Actes + CD Rom.[bib] |
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[7] M. Essid, F.-M. Colonna, O. Boucelma, Abdelkader Betari, “Querying Mediated Geographic Data Sources”, in: 10th International Conference on Extending Database Technology, Advances in Database Technology - EDBT 2006, Lecture Notes in Computer Science, vol. 3896, n° 3-540-32960-9, pp. 1176 - 1181, Springer Berlin / Heidelberg, 26-31 Mars 2006.[bib] |
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[8] F.-M. Colonna, O. Boucelma, “Virtual Hyperlinks in Geospatial Datasources”, in: 16th International Workshop on Database and Expert Systems Applications, DEXA'05, Copenhagen, Denmark, IEEE Computer Society Press, pp. 458-462, Août 2005.[bib] |
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[9] François Bry, F.-M. Colonna, Bernhard Lorenz, “Multi-Paradigm Reasoning for Access to Heterogeneous GIS”, Forschungsbericht/Research report/Rapport de recherche, Institute for Informatics, University of Munich, n° LSIS.RR.2005.009, Juillet 2005. Rapport PMS-FB-2005-30.[bib] |
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[10] F.-M. Colonna, “Intégration de données biologiques: Situation actuelle et perspectives”, in: JDL6'05, Deuxièmes Journées des Doctorants du LSIS, LSIS, n° ISBN 2-9520712-1-7, A2DL, Marseille, France, Février 2005.[bib] |
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[11] M. Essid, O. Boucelma, F.-M. Colonna, Y. Lassoued, “Query Processing in a Geographic Mediation System”, in: ACM GIS 2004, Washington D.C., 12-13 November 2004.[bib] |
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[12] O. Boucelma, F.-M. Colonna, “Mediation for Online Geoservices”, in: 4th International Workshop Web & Wireless Geographical Information System, Yong-Jin Kwon, Alain Bouju, Christophe Claramunt, W2GIS 2004, Hankuk Aviation University, Korea, Lecture Notes in Computer Science, vol. 3428, n° 3-540-26004-8, Springer Berlin / Heidelberg, 25-27 Novembre 2004.[bib] |
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[13] O. Boucelma, F.-M. Colonna, “GQuery: A Query Language for GML”, in: 24th Urban Data Management Symposium, Elfriede Fendel, Massimo Rumor, UDMS 2004, pp. 23-32, Chioggia, Italie, 27-29 Octobre 2004.[bib] |
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[14] O. Boucelma, F.-M. Colonna, M. Essid, “The VirGIS Geographic Integration System.”, in: Vingtièmes Journées Bases de Données Avancées, BDA 2004, Montpellier, France., 19-22 Octobre 2004.[bib] |
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[15] F.-M. Colonna, O. Boucelma, “Querying GML Data.”, in: Proc. 1ère Conférence en Sciences et Techniques de l'Information et de la Communication (CoPSTIC'03), Rabat, 11-13 décembre 2003.[bib] |
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